Laboratoire National de la Protection des Végétaux
Unité de Flore Pathogène des Sols

L’unité de flore pathogène des sols (ufps) a pour mission la mise au point et la validation des techniques de détection des parasite dans le sol, les substrats de culture (terreau, tourbe, fibre de coco, etc.), et matières fertilisantes (effluents, d’industries, eaux solutions nutritives, etc.).

Principales activités

Principaux domaines d’intervention

L’ufps intervient sur tous les secteurs de production agricole Dans ces différents secteurs, l’unité travaille sur des méthodes de contrôle réglementaire (rhizomanie, homologation des substrats, etc.), mais également sur la mise au point de tests prédictifs vis-à-vis de la pathogénicité des sols et sur la méthodologie d’évaluation des moyens de lutte culturaux, biologiques ou chimique.

Techniques utilisées

L’ufps travaille essentiellement à partir de tests biologiques. Cette méthode permet parallèlement à la détection du parasite, d’évaluer sa pathogénicité car elle respecte les équilibres flore pathogène/flore antagoniste du sol à analyser.

Cette technique est souvent complétée par l’utilisation de méthodes qui permettent une identification précise du pathogène. Nous utilisons principalement des tests ELISA et des méthodes de biologie moléculaire.

Parasites détectés

Les principaux parasites recherchés sont les champignons du sol, responsables de nécroses racinaires ou de fontes de semis notamment certains Oomycètes (Pythium, Phytophthora, Aphanomyces), des Fusarium (Fusarium oxysporum f.sp. radicis lycopersici, ou radicis cucumerinum, Fusarium solani), des rhizoctones, mais également les agents responsables de trachéomycoses (Fusarium oxysporum f.sp. albedinis, ou lycopersici ou encore melonis, Verticillium dahliae). Nous travaillons également sur les virus transmis par des champignons (virus de la rhizomanie des betteraves sucrières, virus de la mosaïque de l’orge, du blé). Enfin, certains champignons aériens développent des organes de résistance pouvant se conserver, soit à même le sol (sclerotes de Sclerotinia sclerotiorum), soit sur des débris végétaux (mycelium de Colletotricum acutatum). La détection de ces organes par notre unité avant la mise en culture contribue à une gestion raisonnée des intrants phytosanitaires.

Méthodes mises au point et utilisable en série

• Détection du virus de la rhizomanie des Chénopodiacées à partir du sol, et des effluents d’industrie par test biologique suivi de test ELISA,

• Détection de Fusarium oxysporum f.sp. albedinis par Polymerase Chain Reaction (PCR) sur palmier dattier,

• Mise en évidence des fusarioses vasculaires et vérification par réinoculation (sur toutes cultures),

• Détection des Pythium agents de fontes de semis et de Phytophthora sur substrats, eaux et racines par tests biologiques suivis d’une PCR (sur toutes cultures),

• Test de fatigue de sol (sur toutes cultures),

• Détection d’Aphanomyces euteïches (sur pois) et de Thielavisopsis basicola (sur toutes cultures) dans le sol par test biologique,

• Potentiel nécrotique racinaire (PNR) de l’asperge, de la betterave et du pois,

• Potentiel Infectieux (PI) du sol vis-à-vis de la hernie des crucifères,

• Densité d’inoculum de Pythium, Phytophthora, Trichoderma,

• Production d’inoculum des champignons du sol (Rhizoctone, Pythium, Phytophthora, Fusarium).

Travaux d’études et de synthèse

L’ufps réalise également des études pour les professionnels et les instituts techniques, notamment :

• la caractérisation des espèces de Pythium présentes dans la rhizosphère des cultures de concombre hors sol à des fins de recyclage des solutions nutritives et de mise au point de méthodes de lutte biologique,

• la mise au point de méthodes de lutte contre les agents de fonte de semis,

• la caractérisation des espèces de Phytophthora présentes en pépinière ornementale en région Centre,

• l’amélioration des connaissances et du diagnostic sur Verticillium dahliae, agent d’une maladie vasculaire en culture de betteraves porte graines, sur Fusarium oxysporum f.sp. radicis cucumerinum, agent responsable de la fusariose racinaire du concombre,

Nécroses des racines et du collet d’une plantule de concombre
suite à une réinoculation de Fusarium oxysporum f.sp. radicis cucumerinum
(Photo ufps)

• l’évaluation du potentiel de désinfection naturelle des sols par des produits dérivés des Allium,

• la caractérisation des causes de fatigue de sol en pépinière fruitière méridionale.

Formations données

L’unité de flore pathogène des sols organise une formation globale sur les techniques de diagnostic utilisables en pathologie végétale, et notamment dans le domaine du sol (tests biologiques, etc.), mais également en fonction des demandes particulières sur des tests précis et sur les méthodes de caractérisation par biologie moléculaire des Pythiacées.

Participations à des instances nationales et internationales

L’unité de flore pathogène des sols est représentée dans :

• différentes commissions et le conseil scientifique de l’ASTREDHOR (Association nationale des structures d’expérimentation et de démonstration en horticulture),

• différents groupes de travail sur le recyclage, la protection biologique intégrée (CTIFL-ASTREDHOR), la lutte biologique (INRA-CTIFL-SPV), l’expérimentation en culture de concombre (CTIFL), les microorganismes (Association Française de la Protection des Plantes - AFPP), les Oomycètes (Société Française de Phytopathologie - SFP), les Phytophthora (Organisation Européenne de la Protection des Plantes - OEPP),

• les groupes de travail microorganismes et méthodologie en matière de comportement des produits phytosanitaires dans l’environnement de la commission d’étude de la toxicité.

Partenaires

D’un point de vue scientifique, l’unité de flore pathogène des sols travaille en partenariat étroit avec trois stations de pathologie végétale de l’INRA (Bordeaux, Dijon et Rennes), avec les universités de Brest, Orléans et Tours.

Des travaux sont menés conjointement avec l’unité de mycologie agricole et forestière de Nancy et le laboratoire régional de Bordeaux.

Enfin, dans le cadre des études, l’unité est en relation avec l’Institut de Protection des Plantes d’Héraklion (Crète), l’Université de Burnaby (Canada), l’Institut d’Agriculture de Cordoba (Espagne).

L’unité de flore pathogène des sols répond aux demandes de l’ensemble des professionnels, agriculteurs, instituts techniques (CTIFL, ASTREDHOR, ITCF, ITB, UNIP, etc.), les Chambres d’Agriculture et les industries agroalimentaires.

Locaux et équipements

Le travail du sol et les tests biologiques nécessitent des infrastructures particulières, chambres climatiques, salle de travail et de lavage des terres, etc. Mais l’unité dispose également du matériel nécessaire à la biologie moléculaire. Enfin, un laboratoire de 700 m² est actuellement en construction afin d’accueillir cette unité dans le respect des contraintes de l’assurance qualité.

Personnels

Actuellement l’unité est composée d’une équipe de 3 titulaires travaillant également dans l’unité de détection des OGM, 2 ingénieurs et 1 technicien.

Assurance qualité

L’unité met en place la démarche d'assurance qualité.

Pour plus d’informations sur les analyses réalisées par le laboratoire de Flore Pathogène des Sols, cliquez ci-dessous :

fiche d’envoi pour analyses sur plantes, fiche d’envoi pour analyses sur sols, liste des analyses et leur tarification, modalités d’envoi des échantillons à analyser.

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Ou contacter le laboratoire de Flore Pathogène des Sols en laissant un message sur le formulaire de contact.

Service Régional de la Protection des Végétaux
Laboratoire de flore pathogène des sols
93, rue de Curembourg - 45404 Fleury-les-Aubrais Cédex
Tél. : 02.38.22.11.11 - Fax : 02.38.84.19.79
Mél : ufps@agriculture.gouv.fr ou contact@srpv-centre.com